Genoma minimo

Il Bioinformatics il dr. Doping racconta sui geni di antenato comuni, spegnendo i geni di batteri di Escherichia coli e competizione.

Che sono gli approcci diversi a definizione del genoma minimo? Come metodi di ricerca di gene sperimentali attuati che sono richiesti?

Ci sono parecchi approcci alla definizione di quello che è il genoma minimo. Prima - è evolutivo. È basato sulla filosofia naturale che se un gene certo è presente in tutti gli organismi, probabilmente non può fare a meno di questo gene. Qui c'è veramente un inganno. Perché quando dico che lo stesso gene è presente in vari organismi, la domanda si alza, e come fanno so che questo è un e lo stesso gene e questo è tutto un e lo stesso gene, quando è in tre genomi diversi. La definizione evolutiva è: crediamo che questo è un e lo stesso gene, se ebbero un antenato comune e la storia di questo gene è esattamente lo stesso genere di storia, cioè non ci furono duplicazioni, e i geni differirono solo come risultato di speciation.

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Se coltiva batteri su un mezzo, l'unica fonte di carbonio che è, per esempio, fructose, e ha ucciso il trasportatore fructose o ha ucciso l'enzima quali catalisi la prima reazione di nutrizione fructose, tutto nel Suo ambiente, eccetto fructose, niente e la possibilità l'ha rotto. E se è nello stesso glucosio di colata di ambiente, sarà meraviglioso vivere e prosperare. Dunque qui dobbiamo dire che li lasceremo coltivare un ambiente ricco in cui c'è tutto di cui potrebbe avere bisogno e considerare il genoma minimo un tal ambiente. Quindi la gente fa, e è anche la definizione ragionevole. È più morbido che evolutivo. È, i geni che sono assolutamente universali, evolutivamente abbassano che geni che sono richiesti per un tal individuo è spento.

Gli esperimenti sono genomi adesso minimi della maggior parte corse da Craig Venter, che è stato coinvolto nel genoma umano, e poi cambiato ai genomi di batteri. Applicato l'idea che in questo modo prova a vendere, io, francamente, non molto. Perché ha questa idea che siamo qui per fare un genoma minimo, e poi facoltativamente aggiungeremo a lui alcuni pezzi e faremo incaricato dai batteri, «il progetto», di cui abbiamo bisogno. Veramente non capisco perché è tecnologicamente giustificato perché veramente possiamo farlo adesso. Possiamo prendere l'E. coli - abbiamo una serie di tensioni tecnologiche - e possono fare lo stesso. Ma Venter dice che non ci sarà niente supplementare. D'altra parte, certamente non sarà niente supplementare, ma nello stesso momento sarà abbastanza di morti.